El año de 1948 culminará de manera trágica para el Barrio Independencia. Corría el mes de diciembre, cuando una de sus mayores construcciones arquitectónicas -el que también constituía un símbolo del desarrollo científico y médico- fue presa de las llamas que, literalmente, dejaron en cenizas uno de los inmuebles más hermosos con que contaba la antigua Cañadilla.
El edificio había sido inaugurado bajo el gobierno de José Manuel Balmaceda el 14 de abril de 1889, y fue reconocido por su grandiosa estructura, con su pórtico de seis columnas dóricas que imitaba al Partenón griego. La planta del edificio era rectangular y tenía una longitud de cerca de 100 metros, ubicada en sentido oriente-poniente y con 47 metros de longitud en su lado ubicado de norte a sur. Contaba, además, con dos patios interiores con fuentes de agua, rodeadas de un hermoso jardín de palmeras.
De acuerdo a la crónica del diario El Mercurio, en la madrugada del 3 de diciembre de 1948, a las 5 de la mañana, se desatará la tragedia. El parte policial y la declaración de testigos indicaban que el fuego habría tenido su origen en el pabellón de Anatomía del Dr. Emilio Croizet, al producirse un corto circuito en uno de los motores que funcionaban permanentemente y cerca del cual había un tambor con alcohol. Una vez desatado el siniestro, éste se propagó con voraz rapidez; acudieron allí diversas compañías de bomberos, las que se encontraron con el edificio completamente en llamas, lo que significó un gran esfuerzo, tanto de bomberos, como de muchos voluntarios que intentaban repeler el ataque destructor del incesante fuego, el que, sin detener a su paso y en los momentos de mayor furia, derrumbó el segundo piso del edificio del cual cayeron dos voluntarios de la 6ta Compañía de bomberos y un estudiante que se encontraba en el lugar, los que debieron ser trasladados al Hospital Clínico San Vicente de Paul.
Una vez declarado el siniestro y al expandirse la noticia, muchos funcionarios y estudiantes se trasladaron al lugar para intentar salvar insumos y materiales del azote de las llamas. Afortunadamente, los alumnos lograron rescatar casi la totalidad de los libros de la biblioteca, ubicándolos en el casino del recinto que se encontraba en el ala sur del edificio, y otros voluntarios, pusieron a salvo a las ratas del Dr. Gabriel Gasic del Laboratorio de Biología, las que fueron puestas a resguardo en el Hospital de San Vicente de Paul. A pesar de ello, las pérdidas en el inmueble fueron casi totales; dentro de los cuantiosos daños es posible catastrar los Institutos de biología, química, física, embriología, fisiología, histología, bacteriología y anatomía, departamentos que fueron todos arrasados por la inclemencia voraz del fuego.
De igual manera, los estudios, archivos y colecciones de casi toda una carrera del Doctor Croizet que acumulaba 16 mil protocolos de autopsia, fruto de treinta años de trabajo y que serían plasmados en una obra científica en dos meses más, también fueron totalmente extinguidos por las llamas. A ello, hay que sumar los 35 microscopios fundidos en el laboratorio de bacteriología, gran material personal del Doctor Vaccaro, como filmadoras y proyectores cinematográficos, así como cerca de 5.000 cepas microbianas de difícil obtención se suman a las pérdidas provocadas por el siniestro. El trabajo de muchas generaciones de médicos chilenos que se habían extinguido en unas horas.
La magnitud del evento movilizó a toda la cúpula del país, desde el Presidente, Ministros y diversas autoridades del mundo público y privado intentaron dar un alivio a semejante pérdida de la ciencia. El Ministro de Salubridad Guillermo Varas Contreras ofreció ayuda inmediata a los alumnos damnificados, quienes serían provisoriamente acogidos en los cursos que comprendía el ciclo científico en la avenida Borgoño, donde funcionaba las instalaciones del Instituto Bacteriológico de Chile. Allí se instalarán los departamentos de Bacteriología y Biología, y se impartirán las clases Histología, Parasitología y Embriología. Estas fueron algunas de las medidas tomadas para mitigar el impacto de la pérdida.
Así, dejaba de existir la obra que engalanó la Chimba por casi 50 años, del arquitecto y político liberal Eloy Cortínez; aquel palacio que contaba con hermosos jardines abiertos a la comunidad, con amplios escalones que acogían en sus escalinatas a los vecinos. La misma que con su espíritu se negaba a morir bajo las llamas del olvido, por ello, prontamente diversas iniciativas se pondrán en marcha, expresadas en campañas para acelerar la recuperación de este espacio de la ciencia para el país.